| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,725,006 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,725,006 | 0 | A | T | 98.8% | 585.0 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (134/113); minor base C (2/1); total (137/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,007 | 0 | G | C | 99.6% | 596.0 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/114); minor base A (0/1); total (137/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,008 | 0 | T | A | 99.2% | 580.4 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (135/114); total (137/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTG‑ATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGG‑CGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGG > CP042583/1724729‑1725282 ||| tgctgcAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTG‑ATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGG‑CGTCAATCTCctggctgg > 1:235461/1‑289 (MQ=255) 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cgcCTGTTACTGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCAtt > 1:747129/1‑289 (MQ=255) gcCTGTTACTGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCAtt < 2:210305/288‑1 (MQ=255) ccTGTTTATGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCTCTGTTCAGCGTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTa < 2:1407702/289‑1 (MQ=255) ccTGTTACTGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTATTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTa < 2:230592/289‑1 (MQ=255) cTGTTACTGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTa < 1:926603/288‑1 (MQ=255) ttACTGCTGG‑CGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTgg > 1:815146/1‑289 (MQ=255) ||| ATAGTGCTGCAACATTGCATTTTTGCCCCGATTTATCCATGATCGAATTGTGACATTTGTCATACAACGAATAGGTTTTGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTG‑ATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGG‑CGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGG > CP042583/1724729‑1725282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |