| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,725,234 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,725,235 | 0 | G | C | 99.6% | 661.7 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (154/124); minor base A (0/1); total (154/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,236 | 0 | T | A | 99.3% | 654.0 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (154/122); minor base C (0/2); total (154/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724956‑1725515 ||| tgctgctgGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGActcagt > 2:407738/1‑275 (MQ=255) 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ggTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGGATAAGTTATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCTCGGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAg < 2:563116/289‑1 (MQ=255) gTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCTCGGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAg < 1:33845/288‑1 (MQ=255) cGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCTCGGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTa > 1:1338029/1‑287 (MQ=255) ||| GGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724956‑1725515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |