| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,726,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,726,035 | 0 | A | T | 99.6% | 517.1 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/112); minor base G (0/1); total (112/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,036 | 0 | G | C | 98.2% | 503.1 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (111/109); total (112/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,726,037 | 0 | C | G | 99.6% | 532.7 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/113); minor base T (1/0); total (112/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTTGCTTAAA > CP042583/1725756‑1726316 ||| cATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 2:473758/288‑1 (MQ=255) atatCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGTACGCTCTTTGC‑TTTTGTGGTTGATGAGTTTGCCTGGGTGGAAgg > 2:380579/1‑289 (MQ=255) atatCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGaa < 1:892563/287‑1 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGCTGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTGCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCCCGCACTTTGC‑TTTTGTGTTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGACGGGa > 2:1284717/1‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa < 1:688420/289‑1 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGGGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGa > 2:1238253/1‑289 (MQ=255) tctcAACGCGCCGGAAGAAGAAAGCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATtgtg < 1:1244223/289‑1 (MQ=255) tcAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGAc < 1:285240/289‑1 (MQ=255) ggAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGAc < 1:1099906/289‑1 (MQ=255) aaTCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGaa < 1:1890371/289‑1 (MQ=255) cGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCa < 2:1221905/289‑1 (MQ=255) tagggCGAAATCAGCATAGGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTa < 2:1459809/284‑1 (MQ=255) atagggaTAGGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaa < 2:1378669/283‑1 (MQ=255) aTCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaa < 2:536236/289‑1 (MQ=255) tACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTg < 1:865702/289‑1 (MQ=255) cgcgGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGa > 1:177849/1‑289 (MQ=255) 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gaagaTTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCagaaga > 1:1447226/1‑289 (MQ=255) gaagaTTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCagaaga > 1:455811/1‑289 (MQ=255) cGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTCGCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGC‑TTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGTGGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGAc < 1:1846030/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |