| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 510,571 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 510,572 | 0 | C | G | 99.5% | 440.7 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (103/81); minor base A (1/0); total (104/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 510,573 | 0 | T | A | 100.0% | 441.4 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (104/81); total (104/81) | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
ATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATACTAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAAACTGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCACTTTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGTATTGCGAATCGTATGCAATGGCATGCAAATGACGGAACGGCTGATCACTGGCATTTGGGTGATCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCACTCATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTAT > CP042583/510295‑510851 ||| tCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATTGAAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAATGAGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCTGATTTAGata > 1:161065/1‑277 (MQ=255) 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aCCCCTGCTGATTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGTATTGCGAATCGTATGCAATGGCATGCAAATGACGGAACGGCTGATCACTGGCATTTGGGTGATCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCTGACATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACtattat > 1:230040/1‑289 (MQ=255) ||| ATTTAGACGGTCAATAAATCGGGAGAACACCAAATTATTTAAAGAAGATTTATTATAGGAAATGTAAAGCTTTATACTAGGTAACGGATGTTCTAGTTTTATCTCTTTTAAGTTAAGAAAGTCACGGTAGGAATTATAAAGTTCATAGGGGACTATTCCCAGTAAATCTGTAACTGCAATGCTATTAATGATTGTCAGCAAAGAGGAACCACGAAAACTGATTTTGCGATTCATAAATCTCTCGTCTATTTCCATTTGAATATCATCAACCCCTGCACTTTTAGATATTAATTGGGTGAACTCTTCTGCCATAATTTGTTCATAAGTGCTATTGTCAGTAATTCGTGGATGCCTATTACTACAAATTAGAGTATTGCGAATCGTATGCAATGGCATGCAAATGACGGAACGGCTGATCACTGGCATTTGGGTGATCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCACTCATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTAT > CP042583/510295‑510851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |