Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,732,857 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,732,857 | 0 | A | T | 100.0% | 647.2 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (127/144); total (127/144) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,858 | 0 | G | C | 99.6% | 638.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (126/143); total (127/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,859 | 0 | T | A | 99.3% | 636.6 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (124/144); total (127/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGAGCCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTAGCCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTAGTCTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACCACGGTTATTACATCTGATTATTCCGGCTGAAG > CP042583/1732580‑1733133 ||| tCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGctc < 1:837236/289‑1 (MQ=255) aGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGt > 1:1170970/1‑289 (MQ=255) ccAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCg < 1:1634237/288‑1 (MQ=255) cAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGa < 1:1858941/288‑1 (MQ=255) aGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAg > 2:570443/1‑289 (MQ=255) aGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAg > 1:1903248/1‑289 (MQ=255) aGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAg > 1:1448488/1‑289 (MQ=255) tGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTGGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGc > 1:1061429/1‑289 (MQ=255) gCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGc < 1:914806/288‑1 (MQ=255) aTTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGatta > 1:821975/1‑289 (MQ=255) aCCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGGTGCGAAGGCGAGATTATtg > 1:7298/1‑289 (MQ=255) attgatGACAACGATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTAGGAACCGCAGCAAGCTGCCGCCCATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAAGCAGTTGATGATGCTGGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAAGTTGTGGCTGACTTCACTTAAGCCCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGaac > 1:428643/1‑289 (MQ=255) attgatGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGCTGATTAAAGAGAATAAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCAACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGGCAGATTATTGATGaac > 1:1405079/1‑289 (MQ=255) tgaCAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGGAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGaacaaaca > 1:792369/1‑289 (MQ=255) atcatcAGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTtcgtcg < 1:1525138/289‑1 (MQ=255) tcatcaGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CGACTCG‑CCACGGATCCCGGAAGCGCGGAATTTGTGGCTGATTTCACGTAAGCTCTGGAATTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAATAAACATTtcgtcct > 2:649754/1‑287 (MQ=255) tcatcaGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGAGTATGTATGAACAAACATTTcgtcgt > 2:454178/1‑289 (MQ=255) tcatcaGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCCTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTcgtcgt > 2:90530/1‑289 (MQ=255) tcaGGCGGCAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTa > 1:305959/1‑287 (MQ=255) ggcAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAg < 2:636762/288‑1 (MQ=255) ggcAGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAg < 1:81569/288‑1 (MQ=255) aGAAGTGATGTCGCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGAt > 2:716427/1‑289 (MQ=255) 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ccTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGAcc > 1:1282979/1‑288 (MQ=255) tGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGAccgcc < 2:1170970/289‑1 (MQ=255) aaaaaTGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGCACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACg > 1:637186/1‑289 (MQ=255) aaaaaTGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAATCATTTCGTCGTAGCTTCAGCGAACCGGCGCTTAGCCATGCCCTTGACCGCCGGGTATTCCACg > 1:1664804/1‑289 (MQ=255) aaaaaTGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACg > 1:1550709/1‑289 (MQ=255) gggTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGc > 1:1333020/1‑289 (MQ=255) 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aCGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGc < 1:1894723/289‑1 (MQ=255) ccGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCCGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTa < 1:228817/289‑1 (MQ=255) ccGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGTCGCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTTCGCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTa < 2:104237/289‑1 (MQ=255) 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ttGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACCACGGTTATTACATCTGATTATTCCGGCTGAAg < 1:483292/289‑1 (MQ=255) ttGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACCACGGTTATTACATCTGATTATTCCGGCTGAAg < 1:1009994/289‑1 (MQ=255) ttGTGGCTGATTTCACTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACCACGGTTATTACATCTGATTATTCCGGCTGAAg < 1:11174/289‑1 (MQ=255) ||| TCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGGCCGGGTGACGGTTTACGAACCGCAGCAAGCTGCCGCACATAGCGAACGGGCGGCGATGAGCCTTGATGAACAGTGGCGGATGATTAAAGAGAATCAGTTGATGATGCTCGCCCACGGTGT‑CG‑CTAGCCCACGGATCCCGGAAGCGCGTAATTTGTGGCTGATTAGTCTTAAGCTCTGGAGTTGCGAAGGCGAGATTATTGATGAACAAACATTTCGTCGTAGCTTCAGCGATCCGGCGCTTAGCCATGCTCTTGACCGCCGGGTATTCCACGAATTTTTCCAGCAGGCCGCAAAAGCGGTTGCCAGTAAAGGCATAAGCATCTCCCTCCCCCTTTCCGTTGCCGGTTTGAGTAGCGCCACGCTGGTGAATGATCTGCTTGAGCAGCTGGAAAATAGCCCTCTACCACCACGGTTATTACATCTGATTATTCCGGCTGAAG > CP042583/1732580‑1733133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |