| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,742,445 | 6 bp→TCGTCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,742,445 | 0 | A | T | 98.4% | 422.2 / ‑2.9 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (101/80); minor base C (2/1); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,446 | 0 | G | C | 97.3% | 409.9 / ‑6.0 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base C (101/79); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,447 | 0 | C | G | 97.3% | 411.9 / ‑5.1 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base G (100/79); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,448 | 0 | A | T | 98.4% | 419.8 / ‑2.2 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (101/80); minor base C (3/0); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,449 | 0 | G | C | 96.8% | 415.2 / ‑5.4 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base C (101/81); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,450 | 0 | C | G | 96.3% | 402.3 / ‑3.4 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/2); new base G (100/80); total (106/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGC‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGT > CP042583/1742175‑1742719 |||||| cTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCcggcg < 2:1901964/289‑1 (MQ=255) gccggTGTTACCCCCGGGCTGCACAGGCGGCCCGTCGCGGCTGTTTAGTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGCTCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCg < 1:254432/286‑1 (MQ=255) cAGGTGTTACCCCCGAGCAGCCCAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCATGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCg < 1:711520/288‑1 (MQ=255) ggTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCgtca > 1:32834/1‑286 (MQ=255) aggtACCCCCGAGAAGAACAGGCGGCCCGTAGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGTCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCgtcagt < 2:1278410/286‑6 (MQ=255) ttACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCgtcagtta > 1:736546/1‑282 (MQ=255) tACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGCCTATCCGACCATTCCGGTGGTCACGCTCTCCCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATTACCTCTGCCCTTACCGCG‑CCGCTAGCACGCCCGTTCGGTCAGATGTCTTGTCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGCCGGTGCgtcagtta > 2:1805916/1‑281 (MQ=255) gggcagcaCAGGCGGACCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGAGGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTg < 2:767899/287‑1 (MQ=255) caGGCGGCCCGTCGTGCCTGTTTATTAGGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCGGGTGGTGGCGATCTTACTCCCCGGGAGTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCa < 2:183241/289‑1 (MQ=255) gcggcCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACCGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTAGCACTTTTCAGtctcatc > 2:452436/1‑282 (MQ=255) cggcCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCGC‑C‑AAGTTCCGGCGGGCCGTCAGGTATCACTTTCCAGTTCCAGCTa > 2:1043325/1‑289 (MQ=255) ccgtcgcgccTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACAt > 1:104790/7‑289 (MQ=255) ccgtcgcgccTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGACG‑TCGTCG‑CAAAGTGTCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCCAACAt > 2:147855/7‑289 (MQ=255) gccTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCt < 1:1701823/289‑1 (MQ=255) tcggCGTCCTGTGGGCACCACGCTGCTGAGGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGGTTATCGGGTAGCGGGGCCGGCCCGTTTCGGCGGTGCCGGAAGTGGACTGTCCGACCGTTCAGGTGGTCGCGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGcc < 2:1650983/286‑1 (MQ=255) tGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGa > 1:932947/1‑289 (MQ=255) cGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGCTG‑‑GCGGCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTGTCACTTTGCTGTTCCAGCCAACCTTCCCGCCCGAGTTCGCCGAg > 2:1571108/1‑288 (MQ=255) gTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTTCAGTTCCAGCTAACATTCCCGCTCGATGTCCCCGAGCa > 2:1177015/1‑289 (MQ=255) gTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGc < 1:1704753/288‑1 (MQ=255) tCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTCGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGCCGCCGAGCAg > 2:932498/1‑289 (MQ=255) cctgcggcaccgacGCTGCTGATGGTGGCGTTCTTAATCGCCGGGTTTATCGGTTATCGCGCCCTCCCCCTTTGGGCACTGCCGGAGGTGGACTACCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCAGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCAAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCCCTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAgg < 2:1406519/277‑1 (MQ=255) cTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGa < 1:1121450/289‑1 (MQ=255) cTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGa < 1:147855/289‑1 (MQ=255) gcccacgtgctggtGATGGTTGCGAGCATACGCCGCGGGATTATCGGTGATCGCGTCCTGGCCGTTGCGGGGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCAGTCAGGTCGTCAGACTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAAAGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGGCAGTTATCACTTTGCAGTTCCTGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCGGAGCAGGAAGTg < 2:1223014/280‑1 (MQ=255) gCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGc > 1:1435310/1‑289 (MQ=255) accacGGTGCTGATGTGGGCGATCTTAATCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCGGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAgg < 2:910641/289‑1 (MQ=255) accacGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAgg < 1:1593928/289‑1 (MQ=255) accacGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCCCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTGGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGGCAGTTATCACTTTGCAGATCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGGGCAGGAAGTGCAg > 1:506870/1‑288 (MQ=255) ccacGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCCGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGCTGTCTGGCCCGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCAGCGGTGCGTCAGTGATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCCCGAGGTCGCCGAGCCGGAAGGGCCgg > 2:1715403/1‑288 (MQ=255) cgcGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGcc < 1:242883/287‑1 (MQ=255) cacGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTTCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAGGTGAAgcc > 2:1846867/1‑286 (MQ=255) 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tctGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGCACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTTGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGata < 1:1504493/289‑1 (MQ=255) tctGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCTTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGata < 1:35380/289‑1 (MQ=255) tGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATTACGCTCGCCGTCACCTCACCCGCCACGCCGATGGCGCAAGTGGCAGATAtg > 2:344404/1‑289 (MQ=255) ccGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTTCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGCCACCCCAACCCCCATGCCCATCACGCCAGCGGAAGaacatgt > 2:726014/1‑283 (MQ=255) ccGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAACGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCCTGACGCCCGCCCTCACGCCAACCGCCATGCCGATCACGACAGTGGAAGATAgggt > 2:935367/1‑289 (MQ=255) gTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCt > 2:612435/1‑216 (MQ=255) gTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCt < 1:612435/216‑1 (MQ=255) aTGTCCGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCTCGCAGAtt > 1:332558/1‑288 (MQ=255) ccTGAAACAGATG‑TCGTCG‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTCCCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCTCGCAGATTTCCGGCGt < 1:1068247/288‑1 (MQ=255) |||||| CTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCG‑CCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGC‑CAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGT > CP042583/1742175‑1742719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |