| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,742,469 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,742,469 | 0 | A | T | 98.4% | 436.0 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (105/79); minor base G (1/2); total (106/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,470 | 0 | G | C | 98.9% | 431.5 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/79); minor base A (0/2); total (106/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,471 | 0 | T | A | 98.9% | 429.8 / ‑6.5 | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (105/79); minor base G (1/1); total (106/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGTCGGCCTGGTGACGCTTTCCGGCGGTCA > CP042583/1742195‑1742746 ||| gggcagcaCAGGCGGACCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGAGGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTg < 2:767899/287‑1 (MQ=255) cgcagccacggaggcCCGGGGCTCGTGTTTGTTCTGCGTGTGGTGGCCACTACGCTGCTGAGCGTGGCGATTTTTCTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTGCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTATACCGAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACTGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTg < 2:1209429/276‑1 (MQ=255) gcaCAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATT‑TCCTCCCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCCCtttcaagt > 2:569644/1‑283 (MQ=255) caGGCGGCCCGTCGTGCCTGTTTATTAGGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCGGGTGGTGGCGATCTTACTCCCCGGGAGTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCa < 2:183241/289‑1 (MQ=255) 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ccGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCTCGCAGATTTCCGGCGTCGGCCTGCTGACGCTTTCCGGCGGTCa > 1:326017/1‑289 (MQ=255) ||| GAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGTCGGCCTGGTGACGCTTTCCGGCGGTCA > CP042583/1742195‑1742746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |