| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,744,656 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,744,656 | 0 | A | T | 99.3% | 663.3 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/139); minor base G (0/2); total (141/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,657 | 0 | G | C | 99.6% | 658.3 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/139); minor base T (0/1); total (141/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,658 | 0 | C | G | 99.7% | 660.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (140/141); minor base T (1/0); total (141/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TGGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGT‑ATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGG > CP042583/1744378‑1744945 ||| cGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATg < 1:517339/288‑1 (MQ=255) gTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGc > 1:685580/1‑289 (MQ=255) gTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGc > 1:1773136/1‑289 (MQ=255) cgcgaaCGCCCTGTAAAACGCGTTTGGGCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGGATCGCGG‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCa < 2:1245094/284‑1 (MQ=255) cgcgTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGaa > 1:1415552/1‑289 (MQ=255) gTTTGGTGAGCGGCTGATTTCCACTATTTCTACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGaaaa < 2:1153951/288‑1 (MQ=255) ttGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGa > 1:840124/1‑288 (MQ=255) 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cccTCAGGCAAACCCGTCTCGCGTATGTAC‑GGAGCACAAGACCAAAAATCCCCCAGGCCTCGCCGCGCTGGATACCATTCGGCTCACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGGGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGAGGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACg < 2:148645/287‑1 (MQ=255) cAGTCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCATGACCAGCAGCGACGGCGACGTGGTGCCGCTAAGCTCAACTGCTAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTACCCTTCAACCATCTGGATCACTTCCCGGTAACGTCCATCTCCTATAACGTGCCGGATAACTATTCGCAGGGCGATGCGAGACCGGCGATTATTGATACCGAAAACACGGTGACTCTGCCGGAGGACATCACCACGCCGt > 2:1291994/1‑289 (MQ=255) cAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGt > 2:1036088/1‑289 (MQ=255) 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tAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGT‑ATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCCCACGCCTGGCGTTGCGGCTTGCGGGTACGGAACTg > 2:837642/1‑289 (MQ=255) cGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGT‑ATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGAt > 1:990904/1‑289 (MQ=255) aTAACTATGCGCGGGGCGAGGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGGCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGT‑ATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTg < 2:1621371/288‑1 (MQ=255) ||| TGGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGT‑GGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGT‑ATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGG > CP042583/1744378‑1744945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |