| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,744,863 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,744,863 | 0 | A | T | 98.4% | 560.9 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/116); minor base C (3/1); total (127/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,864 | 0 | G | C | 99.6% | 568.2 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/116); total (127/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,744,865 | 0 | C | G | 99.6% | 571.2 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (126/117); total (127/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGGCATTATTTTGCTGATCGGTATCGTGAAGAAGAACGCCATCATGATGATCGACTTCGCGCTGGCTGCTGAGCGCGAGCAAGGCATGAGCCCGCGCGAGGCAATCTACCAGGCTTGTCTGTTGCGTTTTCGTCCGATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCG > CP042583/1744588‑1745142 ||| taccagaaaCCGTCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATGCGCTGGGCAAGGCGGTGCAGGGGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGATGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCAACCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCa < 2:1168597/282‑1 (MQ=255) tcaccactCTGGTGCAGTTCCCGGTAACGACCTTCTCCTTTAACTTGCCGGATAACGATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGt < 2:814462/282‑1 (MQ=255) aTCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGGGGCGATGTATATCGTTCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCGCCCGACGCTACCCACCCCCGGGGTTGgcg > 2:1732305/1‑288 (MQ=255) aTCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCGTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGGCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGGCGCGATGTATATCGTGGTCGGGATTCTGTACTAGAGCGTTGTTCACTCGCTCACCATTCCCCCGACGCTACCCCCCGCAGGGGTAGgcg > 2:873243/1‑288 (MQ=255) aTCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTCCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATACCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGACGCGTTACAGCGTGCCTGTCATTCCGTCCGGTGACTGTATTCACCCGATCCCCCTTCTCTCGAACCTACCCACCTCCGGGGTTGtcg > 2:1476209/1‑288 (MQ=255) cTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTCCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTCGGGGAGCTTTTTTACCCCGACCACCATTCCCTCGCCCCTACCCACCGACGGGTTTgggcac > 2:966763/1‑284 (MQ=255) ctactttCCCGGTAACGACCAACGCCGTTAACGGGCAGGATAACTATTAGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACAACGAAAAGACGCTGAATCGGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGGCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCActgc < 2:16797/283‑1 (MQ=255) 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tAACGACCATCTCCTTTACCGTGCCGGATAACCATTCGCTTGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGAAACCGAAAAGACGCGGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGa < 1:873243/288‑1 (MQ=255) cGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGAtt > 1:1027076/1‑287 (MQ=255) ccATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCCCCGCAGGGGTTGGCGCCCTGCCGGCTCTGCTGATTGCTgg > 2:591143/1‑289 (MQ=255) 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cTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGaa < 2:1027076/289‑1 (MQ=255) ccGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGGGa > 1:986282/1‑289 (MQ=255) aTAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGTCGGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTg < 2:209825/288‑1 (MQ=255) 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tCACCATTCTCTCGACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGGCATTATTTTGCTGATCGGTATCGTGAAGAAGAACGCCATCATGATGATCGACTTCGCGCTGGCTGCTGAGCGCGAGCAAGGCATGTCGCCGCGCGAGGCAATCTACCAGGCTTGTCTGTTGCGTTTTCGTCCGATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGt < 1:157730/289‑1 (MQ=255) ||| CGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCG‑CGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGATTGCGATTATCGGCATTATTTTGCTGATCGGTATCGTGAAGAAGAACGCCATCATGATGATCGACTTCGCGCTGGCTGCTGAGCGCGAGCAAGGCATGAGCCCGCGCGAGGCAATCTACCAGGCTTGTCTGTTGCGTTTTCGTCCGATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCG > CP042583/1744588‑1745142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |