| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,745,352 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,745,352 | 0 | A | T | 100.0% | 517.3 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (97/124); total (97/124) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,353 | 0 | G | C | 99.6% | 514.0 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (95/124); total (97/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,354 | 0 | C | G | 98.6% | 515.1 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (94/123); minor base T (2/1); total (97/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CGTCCGATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCG > CP042583/1745073‑1745630 ||| gatcttgctgccgtctctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTTATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGCCGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:679361/275‑1 (MQ=255) gATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:1096707/289‑1 (MQ=255) gATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:1670848/289‑1 (MQ=255) gATCCGGATGCCCACTCTGGCGGCTCGGCTTGGCGGGCTGCCGCTGATGTTGGGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:618948/289‑1 (MQ=255) gATCATGATGAGCACTCTGGCGGGTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGGACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 1:1196868/289‑1 (MQ=255) tgaCCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCg < 1:572460/288‑1 (MQ=255) tgaCCACTCTGGCGGCTCGGCTTGGCGGGCTGCGGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCg < 2:1489363/288‑1 (MQ=255) cACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATa < 2:938553/289‑1 (MQ=255) cctctGGCGGCTCTGCTTGGCGGGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATAc < 1:268606/288‑1 (MQ=255) ctctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTTCGGCATACt > 2:893220/1‑289 (MQ=255) ctctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCAt > 2:1193579/1‑286 (MQ=255) tctGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTg > 1:433213/1‑289 (MQ=255) tGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTgg > 2:158467/1‑288 (MQ=255) gcTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGCGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTc > 2:330049/1‑288 (MQ=255) tctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGCGCAGGCGAAAGTGAAGTTTTTTGCCCTGTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACAACTTTACGTTCGGTTGCCATTACCCTGTTCGGCATACTGGGCTTCCGt > 2:1726089/1‑289 (MQ=255) ctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTTATTTCTTTTCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTACCGGTCATGAAGAGGAGGCGGAAGTGATGTTTTTGCACCTCTTCATTTTCCGCCCGTAGGCGACCATTTTACTCTCTTTTGCCATTACCCTGTCGGGAATACTGTTCATCCGtt > 2:500244/1‑288 (MQ=255) ctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTTGGTTGCCCTTACCCTGTGCGGCATACTGGGCGTCCGTa > 2:169066/1‑289 (MQ=255) ctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTTCGGCATACTGGGCTTCCGTa > 1:1807489/1‑289 (MQ=255) ctGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTa > 1:493708/1‑289 (MQ=255) gTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCgccgcc > 1:1551385/1‑288 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGTGACGATTTTACTGTCGGTTGCCa < 2:805017/228‑1 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGa > 1:628830/1‑289 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGa > 1:1710789/1‑289 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACCCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTACGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCGTCCTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCg > 2:279652/1‑288 (MQ=255) gaggCGGGGAACTTCGTCGTCCGGTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGGCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCGGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTc < 1:1763331/286‑1 (MQ=255) gcgcGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCgg < 1:1499644/288‑1 (MQ=255) gAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGCCATACTGGGCTTCCGTATGCTTCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGCTTTTCCGGTGAttt > 2:1520196/1‑288 (MQ=255) aaCTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGATTCCGCATGCCGCCGGGCGCCCCGTTGCCGCTGGTCGCTTTTCCGGGTATTa > 2:1807993/1‑288 (MQ=255) 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CGTCCGATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCG > CP042583/1745073‑1745630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |