| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,462 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,462 | 0 | A | T | 99.5% | 461.4 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (99/95); minor base C (0/1); total (99/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,463 | 0 | G | C | 100.0% | 459.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (99/96); total (99/96) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,464 | 0 | C | G | 99.5% | 457.9 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (98/96); total (99/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGG‑CGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATT > CP042583/1746186‑1746742 ||| aCGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGGTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgc > 2:291974/1‑287 (MQ=255)aCGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgc > 1:439074/1‑287 (MQ=255) cGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgcg < 1:13718/287‑1 (MQ=255) cGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgcg < 2:931432/287‑1 (MQ=255) tGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATCGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTTCGGTTTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTccc > 2:1040661/1‑286 (MQ=255) gACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAACCCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCa < 1:294391/289‑1 (MQ=255) aTCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCt > 1:948463/1‑288 (MQ=255) 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ccGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCCCGTGATTCTGGTGGTGTATTTATTCCTTCGTTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGCTTCGCTGACTGTTACGTTTGCGGCGTTGTAACTGGGCGGATTCAGCCTGAAGAACCTTTCCTTACTGGGGTCCAGCATCgttgcc > 2:836284/1‑284 (MQ=255) ccGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTAGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCTGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGCTTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGATCACCATCGCt > 1:1040007/1‑286 (MQ=255) gggCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATGCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCGGATTGGGACGTTTGCGGCGAGTTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGAGCTGACCATCGCGACTgg > 2:1107806/1‑289 (MQ=255) 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aaaCCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCg < 1:1608908/288‑1 (MQ=255) acgaTTCAGGCGAGGATTGTTCTGAAAGTTGCACAGTATCGCTGCCCCACCAGTCGCGCGTGGCTGGAAGACGTCGACGAAGCGCTGTTCATATCGGTGGGAGTGGTGTTTCTGGTGGTGTTTTTATCCCGGCGCTCGGGTCGCGACACTATGATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGGTGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCgtgg < 2:528048/286‑1 (MQ=255) cATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCgtggtg < 1:53266/289‑1 (MQ=255) 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atacgCAAATTTCCCAGTATCGCTCCCCCCCCACTCGCGCTTCGCGCGAACACGCCGCGCAAACCCTGATTATCCCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTCGTGTTTTCATACCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTGTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTAGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCAACGCTACTGGTGTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACg < 2:413443/285‑1 (MQ=255) tGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGaa > 2:1184255/1‑289 (MQ=255) cTCCCCCGCATTTCGCGCATCCCTGGAGGAAGTCGAGCAAAGTCGGTTTTTCTCGGGGGGGCTGGGGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGaaa < 2:456316/289‑1 (MQ=255) 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cTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGaa > 1:193399/1‑288 (MQ=255) cTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCCACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAAAATTGCCCGTCATATGGCACCGTGAAGGaa > 2:1131987/1‑288 (MQ=255) cTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATGGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGGGGTGGATGACGCTATGGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGatggaa > 1:1304602/1‑283 (MQ=255) 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gTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGG‑CGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTtc > 1:995823/1‑286 (MQ=255) aaTAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGG‑CGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACAt > 1:559806/1‑289 (MQ=255) aTAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGG‑CGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACAtt < 1:408626/289‑1 (MQ=255) ||| ACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGG‑CGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATT > CP042583/1746186‑1746742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |