| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,746,609 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,746,610 | 0 | G | C | 99.0% | 439.7 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (123/70); total (124/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,746,611 | 0 | C | G | 100.0% | 456.5 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/72); total (124/72) | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGT > CP042583/1746329‑1746886 ||| cTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGAtgagtctgtcactgg < 1:1665681/289‑8 (MQ=255) 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gTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATTGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCCGGATGCTGAAAGCCACCAAGCCGCGCGATCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCTTGCAACAAGCCTACGGCCAGTAACGAAAATCGGTGCCCAATCATccc > 2:270710/1‑288 (MQ=255) gTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGATGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGGTGGTAGACCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAACTGGGTGTTCACTCATAcc > 2:1892905/1‑288 (MQ=255) ttACGGGGCTGTGGGTGAGTCTGTCACTGGGGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGGTGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCtggt < 2:1045817/289‑1 (MQ=255) ||| GCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGT > CP042583/1746329‑1746886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |