| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,720 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,720 | 0 | A | T | 99.1% | 484.3 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/95); minor base C (2/0); total (116/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,721 | 0 | G | C | 99.0% | 478.2 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (113/94); minor base T (2/0); total (116/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,722 | 0 | C | G | 99.5% | 480.9 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (115/94); minor base A (1/0); total (116/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCAGCATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCGGGATTCAGGCGGAT > CP042583/1746440‑1747001 ||| cGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTg > 1:517515/1‑289 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cggtgtcgttCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTACCGCCAATGATGTGGGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCTCGATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATggg < 2:859788/280‑1 (MQ=255) cGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTCCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAGGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCTCGATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATggg < 1:359730/289‑1 (MQ=255) cTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCTCGATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCg < 1:1440240/289‑1 (MQ=255) gCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCTCGATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCGGGATTCAgg < 1:1559829/289‑1 (MQ=255) ccATTGATATATAGTTGCTGTTTTCTCTGACATTGACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGCCT‑GCGTGGTGTTGGTCGCAGGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCTCGATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCGGGATTCAgg < 2:1358624/288‑1 (MQ=255) ||| CGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACT‑GCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTTGGCACCATTGCGCTGAATATCTGGCTGTATATCAGCATCCCGAAAACCTTCTTCCCGGAGCAGGACACTGGCGTGTTGATGGGCGGGATTCAGGCGGAT > CP042583/1746440‑1747001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |