| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,748,643 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,748,643 | 0 | A | T | 100.0% | 489.3 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (111/95); total (111/95) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,748,644 | 0 | G | C | 99.0% | 483.7 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (111/92); minor base A (0/2); total (111/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,748,645 | 0 | T | A | 99.5% | 492.8 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/94); minor base C (0/1); total (111/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ACGGTAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGAGCCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCAGTATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTAGTCTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATT > CP042583/1748364‑1748923 ||| tAACCGATTAAATGACAGGTAGTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCGTCTTTCTGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcg < 2:728117/288‑1 (MQ=255) tAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTgcg < 2:1011784/288‑1 (MQ=255) aaTGACAGTGCTTCCCGACAGCACCCGTGGGCAGTTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTTTTAATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGc < 2:120147/289‑1 (MQ=255) aaTGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCgg > 2:716872/1‑288 (MQ=255) gACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACg < 2:677662/289‑1 (MQ=255) aTCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGTCACGCTga > 2:369752/1‑288 (MQ=255) tCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGTCGCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCTCAATGGCGCACAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTga < 1:118895/287‑1 (MQ=255) 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tACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGCTTGACGGTGATGAACAGCGTACCGCGCGAGCAAAATATGGCTGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCCGCTCGGTCCTGCCCTCGGCGGTCTGCTGTCGGAGTATGCAGCTTGGCGTTGGCTGTTTGTGATTTAGATTCTGGTGGGGGCTATAGGTggcatggcacca > 2:1022716/1‑278 (MQ=255) tctcGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGTTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGCATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGCTTATAGTTGCGACCGCCACAtt > 2:1784870/1‑288 (MQ=255) tctcGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACAtt > 1:82003/1‑288 (MQ=255) ||| ACGGTAACCGAGTAAATGACAGATCTTCCCGACAGCACCCGTTGGCAATTGTGGATTGTGGCTTTCGGCTTCTTTATGCAGAGCCTGGACACCACCATCGTAAACACCGCCCTTCCCAGTATGGCGCAAAGCCTCGGGGAAAGTCCGTTGCATATGCACATGGTCATTGTCTCTTATGTGCTGACCGTGGCGGTGATGCTGCCCGCCAGCGGCTGGCTGGCGGACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTAGTCTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCTGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATT > CP042583/1748364‑1748923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |