| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,748,862 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,748,862 | 0 | A | T | 99.0% | 443.5 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (87/101); minor base G (1/1); total (89/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,748,863 | 0 | G | C | 99.5% | 448.5 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (88/102); minor base T (1/0); total (89/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,748,864 | 0 | C | G | 99.0% | 437.2 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (86/102); total (89/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
ACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTAGTCTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGC‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTG > CP042583/1748587‑1749143 ||| cGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCttttt < 1:1775451/288‑1 (MQ=255) cGTGCGGACTTTTTTCTTTACCCCCGTCGTGCTGTTTACTATTGGTTACCTGTGTTGGGCGCTTGCAGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACTGGGCGTTGGGGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGCCGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATTATCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGAt < 2:1042094/288‑1 (MQ=255) gcAATATTTTCTTTCCCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCTGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACa < 1:1903077/288‑1 (MQ=255) gcAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACa < 1:1671727/288‑1 (MQ=255) atTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCgg < 1:1172545/289‑1 (MQ=255) tttCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTg < 1:54255/289‑1 (MQ=255) tttCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTTCACTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCCCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCCTCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCCGtc > 2:814477/1‑288 (MQ=255) 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ctggtgGTGGGGTACGAATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGcc < 2:1006522/288‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGcc < 1:1105518/288‑1 (MQ=255) tggtggAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTGTCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGtt < 2:688686/289‑1 (MQ=255) ggtggAGTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGtt < 2:496046/288‑1 (MQ=255) gTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTg > 1:1379109/1‑289 (MQ=255) gTACGCATCG‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTg > 1:1280215/1‑289 (MQ=255) ||| ACAAAGTCGGCGTGCGCAATATTTTCTTTACCGCCATCGTGCTGTTTACTCTCGGTAGTCTGTTTTGCGCGCTTTCCGGCACGCTGAACGAACTGTTGCTGGCACGCGCGTTACAGGGCGTTGGCGGCGCGATGATGGTGCCGGTCGGCAGATTGACGGTGATGAAAATCGTACCGCGCGAGCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGC‑TGGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTG > CP042583/1748587‑1749143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |