| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,261 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,261 | 0 | A | T | 99.2% | 575.8 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (119/126); minor base C (1/1); total (121/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,262 | 0 | G | C | 99.6% | 578.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (119/128); total (121/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,263 | 0 | C | G | 99.2% | 573.1 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (119/127); total (121/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACAGCACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGG > CP042583/1748986‑1749528 ||| gtgCGTTTGGCATGGCGGTATTAACCGTTGGGCTGAGTGGCTGTAATGGTACAGTTTTATCGCCGCTGACGAGTGCAGGCCTGGTGGCAGTTGGCGTGGTGGTACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCGTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTAGGACTCCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGc < 2:412684/287‑1 (MQ=255) 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atcgccGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTa > 2:215444/5‑289 (MQ=255) atcgccGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCATGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGGTTCTTGCCGGACGGATGATGATCCCGAAGGTGCTTGGCCGCCTGGGa > 2:778069/5‑271 (MQ=255) tcgccGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTAc > 1:215909/4‑289 (MQ=255) 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acGGTTTTCCTGCAACTGGGCCCCGGTTTCTCGCGGTTTCATGCCGGACTGATGTGGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAGGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAg < 2:962352/288‑1 (MQ=255) cGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGa > 1:1785706/1‑289 (MQ=255) cGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGa > 1:1830610/1‑289 (MQ=255) cGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGa > 1:1251871/1‑289 (MQ=255) tCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTccc < 1:1737858/289‑1 (MQ=255) ||| TGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACAGCACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGG > CP042583/1748986‑1749528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |