Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,750,058 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,750,058 | 0 | A | T | 99.6% | 580.0 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (132/114); total (133/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,750,059 | 0 | G | C | 99.6% | 581.2 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (132/115); total (133/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,750,060 | 0 | C | G | 99.2% | 587.8 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (132/115); total (133/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGCC > CP042583/1749784‑1750333 ||| aaTGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAAcccggccc < 1:100951/288‑1 (MQ=255) tCTGGCGACCCGGTATTACCGGCATACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGc < 2:1116511/288‑1 (MQ=255) gCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCAcc > 2:612391/1‑288 (MQ=255) cGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCg < 1:1317620/288‑1 (MQ=255) 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ccTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTc > 1:1243353/1‑289 (MQ=255) gcgttcatttGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCAGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACTACAGCGGCAAACTAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACTTTACTcgcg > 1:1347163/8‑289 (MQ=255) cgttcatttGAACACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTcgcg > 1:36518/7‑288 (MQ=255) catttGAACACGACAATTCGGCAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCAACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGTTTGATAAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTCGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACt < 2:607134/287‑1 (MQ=255) aaCACGATAATTCGGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGcc > 1:1106886/1‑287 (MQ=255) ||| GCGCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGCC > CP042583/1749784‑1750333 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |