Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,754,147 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,754,147 | 0 | A | T | 99.6% | 560.2 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (127/114); total (129/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,754,148 | 0 | G | C | 99.6% | 559.6 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/113); minor base T (0/1); total (129/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,754,149 | 0 | T | A | 99.2% | 566.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/113); minor base C (1/1); total (129/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCAGTCCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTAGTTTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGGCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGACGCTCGGC > CP042583/1753869‑1754428 ||| tgtcggcgcAAAAGGTGCTGTGGGTATTGATGGTGGCGGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGGCCACTTTGGCCGGTTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTaa < 2:1309457/284‑1 (MQ=255) cgcAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATccc > 1:769568/1‑289 (MQ=255) gcAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTGCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCg < 1:1069447/289‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTAcc < 1:676589/289‑1 (MQ=255) aTTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCgg < 2:381131/288‑1 (MQ=255) aTTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCgg > 1:381131/1‑288 (MQ=255) gTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCCCACCGACTAACATTCCGCTGCTGACTACCCCCGGTAGTtct > 2:1746215/1‑289 (MQ=255) 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cGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCCACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACCTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCTGCGCATTCGTGTGATTGGCACTATCGGCAGGATTGCCTCCGTTCTGGCCAGTGGTTTCTTGCCGCAACTACTGGGGTATGCCGATATCACACCGACGAACATCCCGCTGCCGATTACCGCCGCAAGTtccgct > 2:1076306/1‑289 (MQ=255) gCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTtctgctc < 2:1847884/289‑1 (MQ=255) gcgcTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCtgctctgctc < 1:1867562/288‑1 (MQ=255) ctgctgATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGgtg > 2:1717367/1‑289 (MQ=255) tgATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCATTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGtt < 1:1018935/289‑1 (MQ=255) tttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATCCTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGCGTGTTTGCGttt > 1:819176/1‑289 (MQ=255) tttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCCCGGTGTGTTTGCGttt > 1:1526408/1‑289 (MQ=255) tttCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGACTGCCTTCGGCCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCACATACTGCGGCATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGACTACCGCCGGAAGTGCGTCTCTGCTCGGCGTGGTTGGGtgt > 2:111109/1‑287 (MQ=255) tCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTTCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCGCCTCTGCTCGCGTTGTTTGCGttttt > 2:340484/1‑289 (MQ=255) ccACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGaca < 2:1398065/285‑1 (MQ=255) cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCACCGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGcca < 2:1615474/289‑1 (MQ=255) cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCgg < 1:1167310/240‑1 (MQ=255) cACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGcc > 1:954925/1‑288 (MQ=255) ttGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCCAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGATGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTTCCCCACACGccaccaca > 1:922442/1‑287 (MQ=255) cccGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCaaa < 2:1479167/289‑1 (MQ=255) 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tgctgGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTtctgct > 1:1217707/1‑224 (MQ=255) ctgGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCCAATACTGGGTTATGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTa > 1:1273156/1‑289 (MQ=255) cctattcgcTAACCTTTTTGCCGACCATTGCGCTGACTAACCGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGACGATATCTCACCGACTAACATACCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGGGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGt < 2:805590/281‑1 (MQ=255) 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tATGCCGATATCTCACCGACTCACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTTCATTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGGCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGACGc < 2:1580612/289‑1 (MQ=255) tGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTTCATTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGGCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGACGCTc > 1:610758/1‑289 (MQ=255) tGCCGATATCTCACCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTTCATTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGCCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGCCGCt > 2:1004767/1‑288 (MQ=255) ||| TCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACTATCGGCTGGATTGCCTCCGGTCTGGCATGTGGTTTCTTGCCGCAAATACTGGGGTATGCCGATATCAGTCCGACTAACATCCCGCTGCTGATTACCGCCGGAAGTTCTGCTCTGCTCGGTGTGTTTGCGTTTTTCCTGCCCGACACGCCACCAAAAAGCACCGGCAAAATGGATATTAAAGTCATGCTCGGCCTGGATGCGCTGATCCTGCTGCGCGATAAAAACTTCCTCGTCTTTTTCTTCTGTAGTTTCCTGTTTGCGATGCCACTAGCGTTCTATTACATCTTTGCCAACGGTTATCTGACCGAAGTTGGCATGAAAAACGCCACCGGCTGGATGACGCTCGGC > CP042583/1753869‑1754428 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |