| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,756,002 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,756,002 | 0 | A | T | 99.3% | 343.2 / ‑6.5 | 148 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (79/68); minor base A (0/1); total (79/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,756,004 | 0 | C | G | 100.0% | 347.7 / NA | 148 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (79/69); total (79/69) | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TGCGCTGGTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755720‑1756283 ||| tGCGCTGGTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCggaagcaaa < 1:212523/289‑7 (MQ=255) 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cacaAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAAACGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATAAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTCACCACCCGTCCGTCGGTGACGGTCGTctgcgcggcg > 2:1109069/1‑289 (MQ=255) aCCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACACCGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGCATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGGCGCGGTCATTGAc > 2:854305/1‑289 (MQ=255) aCCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGAc > 2:1079000/1‑289 (MQ=255) 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tAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTcc > 1:264983/1‑286 (MQ=255) ccTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGc < 1:1003109/289‑1 (MQ=255) gagACACAAACACCATCGGTGCGTGGGGTGCGGCAATGTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTg < 2:773132/286‑1 (MQ=255) cgACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCg > 1:305525/1‑289 (MQ=255) acggaaacCATCGGTGGTATGGCGACGGGAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTTATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGatat < 2:1632878/283‑1 (MQ=255) cacCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAAc < 1:1079000/289‑1 (MQ=255) 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ccACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGgc < 1:453754/289‑1 (MQ=255) ccACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGgc > 1:1577618/1‑289 (MQ=255) cACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGgcg < 1:390406/289‑1 (MQ=255) ||| TGCGCTGGTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755720‑1756283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |