| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,762,872 | 2 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,762,871 | 1 | . | T | 96.9% | 450.0 / 9.1 | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base T (101/87); total (105/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,872 | 0 | C | G | 97.9% | 452.7 / 1.3 | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (102/88); minor base T (3/1); total (105/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,873 | 0 | T | A | 98.5% | 457.1 / ‑0.4 | 194 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (102/88); minor base G (2/1); total (105/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAA‑CGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CT‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGT > CP042583/1762604‑1763158 |||| ataataTGCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAA‑CGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAac < 2:334619/287‑1 (MQ=255) ataataTCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAA‑CGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCaa < 1:1133378/286‑1 (MQ=255) aataTCCCCTTGTTTTCTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTACTGTTGCTGGGTATTGTGGAACCGGAAATACTG‑CTAAAGTAATTAATAAATCGGTCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGAATAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCa < 2:1253504/289‑1 (MQ=255) ccccTTGTTTGCTATTTATTGTTGCTTTGTTAACTGTTGCTGGTAATTGTGAAA‑CGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAat < 2:347788/289‑1 (MQ=255) 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aCTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGattatttgaca > 2:1481236/1‑161 (MQ=255) aCTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCatgacg > 1:767888/1‑284 (MQ=255) gCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGA‑TGAAGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTa < 2:394335/216‑1 (MQ=255) |||| CAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAA‑CGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CT‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGT > CP042583/1762604‑1763158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |