| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,764,458 | 6 bp→CGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,764,458 | 0 | G | C | 95.9% | 420.5 / ‑3.2 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/3); new base C (98/87); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,459 | 0 | C | G | 96.4% | 424.4 / ‑4.3 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base G (99/88); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,460 | 0 | T | A | 99.0% | 442.2 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (99/91); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,461 | 0 | G | C | 97.4% | 439.6 / ‑4.0 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); major base C (99/88); minor base A (4/1); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,462 | 0 | C | G | 96.4% | 424.8 / ‑3.6 | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/1); new base G (98/89); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,463 | 0 | T | A | 99.0% | 452.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (101/90); total (104/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GC‑TGC‑T‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTT > CP042583/1764191‑1764733 |||||||| aTCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCaa > 2:780305/1‑289 (MQ=255) aTCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCaa > 1:666050/1‑289 (MQ=255) aTCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCaa > 1:1233325/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCACACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCAGCCAGACCaaa > 1:1718076/1‑289 (MQ=255) 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gATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAattat < 2:1400929/288‑1 (MQ=255) aTCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCgt > 2:684196/1‑202 (MQ=255) aTCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CG‑ACG‑A‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCa < 1:780305/289‑1 (MQ=255) 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ATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GC‑TGC‑T‑ATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTT > CP042583/1764191‑1764733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |