Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,765,961 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,961 | 0 | G | C | 99.6% | 592.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,962 | 0 | C | G | 100.0% | 590.0 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (137/111); total (137/111) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,963 | 0 | T | A | 99.6% | 591.0 / ‑4.6 | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/110); minor base C (0/1); total (137/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCACTTGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑ATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCGCTAATCGTCACCCAATTAGCACTGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAG‑TGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATT > CP042583/1765684‑1766239 ||| tCATTTCACCTTTCATACAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑ATTAGTACTTGTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCAc < 2:725363/289‑1 (MQ=255) 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aaaGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑ATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCAcc < 2:1206364/289‑1 (MQ=255) aGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑ATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCaa > 1:1779468/1‑289 (MQ=255) ttcttcAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑TTTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCa > 1:232609/1‑289 (MQ=255) 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TCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCACTTGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGC‑ATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCGCTAATCGTCACCCAATTAGCACTGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAG‑TGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATT > CP042583/1765684‑1766239 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |