| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,767,478 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,767,478 | 0 | G | C | 99.3% | 315.7 / NA | 136 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (83/52); total (83/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,767,479 | 0 | C | G | 100.0% | 320.5 / NA | 136 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (83/53); total (83/53) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,767,480 | 0 | T | A | 100.0% | 323.2 / NA | 136 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (83/53); total (83/53) | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGGCTAGAAAACAGATGACGGGTGTCAACATTATACGTTAACTGACCACAATGCTGTTGAGGTTGACCATTAACCATAGCCATACTGCATGTTGGGGGACTGATCCTGCCATTAATCGCTAATGTGGCAGTCTCACTAGAGAATGCGGGAGAAGCCAATCCATAGGCAAGAAAAATAATTCCACTCAGCCAATACTTATTCATTGAACGTTATCCCTGTAGTAAAGGTTATGCCTGGATAGAATGAGTGCATAACAAACTATAGCTGTACATCCACTACACAG > CP042583/1767203‑1767758 ||| ttGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGCGAAGAAAACAGATGACGGGTGTCAACATTATACGTTAACTGa > 2:1853197/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |