Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 445,850 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 445,851 | 0 | C | G | 100.0% | 673.1 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (127/154); total (127/154) | |||||||||||
* | CP042583 | 445,852 | 0 | T | A | 99.6% | 670.5 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (126/153); total (127/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CTTCCTGTGGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGGCTATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCAGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTTGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCAATAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTAACTCGTGTTATAAAGCGCGTCGGAAATTAAATACTGGTAAATATCATCAACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAATTACGCCCTGCGTGTAAATCGTCATACAT > CP042583/445576‑446119 ||| tgGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGCGAATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCCGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTGGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCATTAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTATGGCGTGTTATAAAGCGCGTCg > 2:109215/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |