Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,779,481 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,779,481 | 0 | A | T | 99.4% | 384.4 / NA | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,779,482 | 0 | G | C | 98.8% | 372.5 / NA | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (96/65); minor base A (2/0); total (99/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,779,483 | 0 | T | A | 100.0% | 386.4 / NA | 164 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (99/65); total (99/65) |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAATT > CP042583/1779205‑1779761 ||| gcgcAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGaata > 1:1145620/1‑289 (MQ=255) 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aaTATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAAcc < 2:963153/259‑1 (MQ=255) aaTATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAAtt > 1:906250/1‑289 (MQ=255) ||| GCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCTTCTTTCTGAATT > CP042583/1779205‑1779761 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |