| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,781,546 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,781,546 | 0 | A | T | 98.7% | 514.4 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/104); minor base C (3/0); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,781,547 | 0 | G | C | 98.7% | 508.0 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base C (117/102); minor base A (1/2); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,781,548 | 0 | C | G | 98.2% | 506.4 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (115/105); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TGTTATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTAGTGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCAGCCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGACACATTAGCGGGTGACGGATTCGGTAAACTTGCCCCTTCTACGCCACAACCGCCTCTGCCAAAAGATGTCACCTGCGAACTGGAACGTACCGCAATCTCCCTTCCGGCGGAGCTTACCTTAAATCGCTTTACCCCCGATGGGCTGGCGCAAAGTCAGGTGTTACATCGGCTGGCAATACTGGAGAT > CP042583/1781270‑1781826 ||| tgttATCTCACACCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCCCCGATTaaaa > 2:1701619/1‑288 (MQ=255) cacCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGa > 1:1058185/1‑288 (MQ=255) cacCCTACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGa > 1:1894805/1‑288 (MQ=255) tACAGTGAAAAGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAAcgcg > 1:846236/1‑288 (MQ=255) 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aGCGCCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTg > 1:903550/1‑289 (MQ=255) cgcCTTGATGTGCTGGCAGGATACCTTTCAGGAAGGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGTGTGCAGAAGGCCGGAGAACAACTGCTAAAAACGAGCTTTACGCGTTTGCGCCAGCAAAAATTGCCCGCTTCTACTGCGGATAGGGCTGCCGCTCATCTGATTGCGATGGCGCGGGACCAGTTCGGCGGTGTTACCCTACCTTGACGCACCGATGGGCGGGAGGCCACGGCAGGCCCCGCGTTTAAAGAAGCCATCACCGCGcctgggcagtgtg > 2:747287/1‑278 (MQ=255) tggtgtgtcAGGATACCTTTCGGGATGACATGGCCCGGTATGGCAAATCGCGTCGTGGGAGTGGGGCTTGCGGAAGGCCGGTGAACAACTCCTAAAAACTAGCCTTACCCGTTTCCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGGGGATATGGCTGCCTCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATcg < 2:1602172/280‑1 (MQ=255) tGGCAGGATACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCgcggcg < 2:277353/288‑1 (MQ=255) aagATACCTTTCCGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGGGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTCCCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCAGCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 2:153152/287‑1 (MQ=255) ggacacccttcaagAACGCCCGCCCCGATATGGCAAAACTGGGGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACTACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCGGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCGCATCTGCATGCGAGGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGGGCTATCGCGGCGTTAtt < 2:169306/275‑1 (MQ=255) aTACCTTTCGGGAATGCCTGCCCCGGTATGGAAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:130035/286‑1 (MQ=255) aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:217835/286‑1 (MQ=255) aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt > 2:1227047/1‑286 (MQ=255) aTACCTTTCAGGAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTAtt < 1:935673/286‑1 (MQ=255) tttcaggAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGa > 2:252266/6‑289 (MQ=255) ttcaggAATGCCTGCCCCGGTATGGCAAAACTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGAt > 2:326472/5‑289 (MQ=255) 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aaaCTGGTGCTGGCAGTGGGGCTTGCAGAAGGCCGGTGAACAACTGCTAAAAACTATCCTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTTCTACCGCGGATATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCATACACTACCGTTACGCACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATa < 2:707300/289‑1 (MQ=255) aaCGGGTGCGGGCAGTGTGGCTTGCGGTAGGCCGCGACACAATAGCTAGAAACTAGCCTTACCCGTTTGGGCCAGTGCAAGTTGCCTGCGTGGACCGGGGATATGGCGGCCGTTCAGCTGCATGCGACGGCGCTGGCACGGTGGCGCGGTCATACACTACCGTGACGCACTGCGTGGCTGGATGCCAGAGCAGGCTGGCGGATTAAAGATGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGGTCCGATTCTGCTAACGTTgggag < 2:1869640/289‑5 (MQ=255) ctgggggtggtggTGGGGCTTGCAGAAGGGCGGGGAACAGTTGGTAAAAGCTATCGTTACCCGTTTGCGCCAGCACAAATTGCCCGCTGCTACCGCGGGTATGGCTGCCGCTCATCTGCATGCGATGGCGCTGGCACAGTTGCGCGGTCAGACACTACCGTTACGAACTGACTGGCTGGATGCCATAGCAGGCTCGCTGATTAAAGAAGCCCTGAACGCGCCGTTGCCGTGGAGCTATCGCGGCGTTATTCATCCCGATACCGATCCGATTCTGCTAACGTTGATAGac < 2:1742978/277‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |