Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,783,536 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,783,536 | 0 | A | T | 99.0% | 473.4 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (83/116); minor base G (1/1); total (86/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,783,537 | 0 | G | C | 99.5% | 471.3 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (85/117); total (86/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,783,538 | 0 | C | G | 99.5% | 481.8 / ‑4.5 | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (85/117); minor base . (1/0); total (86/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTC‑AAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTC‑GATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGGTAGTAGTAGTTTACTGACGCATCAGGTGAAAAA > CP042583/1783258‑1783816 ||| ggcgGATAGGGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGGTCGACTTGGAAAGGAAGGTCGTCAGGCTGTAGCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCCTTCATTTATTCCGCTGTCGTGAAACTTTGATTTC‑GAAAGGACTCTGCTCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTGTAACTGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTTATCAAATCGGATCGATGGTC‑GATTCGGTGATCCa < 2:1247249/287‑1 (MQ=255) 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ttGATCAAAGCGGATCGATGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGGCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGgttcatcatcatt > 1:1506141/1‑275 (MQ=255) tGATCAAAGCGGATCGATGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATc < 1:970695/140‑1 (MQ=255) atcgaTGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGGTTCATCATCATTACTGACGCATCAGGTg > 1:360706/5‑289 (MQ=255) atcgaTGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGGTTCATCATCATTACTGACGCATCAGGTg > 1:1584461/5‑289 (MQ=255) tcgaTGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTTGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGGTTCATCATCTTTACTGACGCATCAGGtta > 1:1486108/4‑287 (MQ=255) tGGTC‑GATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAAGGGGGGTCATCCT‑CATTACTGACGCATCCGGTGaaaaa > 2:1398321/1‑289 (MQ=255) ||| GCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTC‑AAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTC‑GATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAA‑GGGGGTAGTAGTAGTTTACTGACGCATCAGGTGAAAAA > CP042583/1783258‑1783816 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |