| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,789,253 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,789,253 | 0 | G | C | 99.3% | 631.5 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (143/125); total (145/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,789,254 | 0 | C | G | 98.2% | 616.2 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base G (141/125); total (145/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,789,255 | 0 | T | A | 99.6% | 644.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/126); minor base G (1/0); total (145/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATAAACAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTGCTGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATGC‑TATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAA > CP042583/1788984‑1789534 |||| aaCAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGGGTAATCCTTTAACGATGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGGCATGCCCCCCATCG‑AAAACCGATGTAAGCACCCgg > 2:45881/1‑289 (MQ=255) cgccgcgccgACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATACCGATGGAAGCCGCCGGGCAg > 2:833415/1‑288 (MQ=255) cgccgACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCaa > 2:1025664/1‑288 (MQ=255) aCCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTAACAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATACCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCACACAGCCCACcgacacccg > 2:1890081/1‑284 (MQ=255) catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgg > 1:1834391/1‑288 (MQ=255) catcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTCCGCCCGCGGCGGCTCAGGATGCTGTGTACTAGGCAACAGATCACTCCTTCAACGATGGCCGACATCATGTAACTTCACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATTATGGTGCTCACCGACCTTCAGACCAACCAGCCCACCgccgactcg > 2:1766606/1‑285 (MQ=255) tcatTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:1546554/289‑1 (MQ=255) 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aaTATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:700390/286‑1 (MQ=255) aCCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCTGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTCCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AATAGCGAAGTCACCCGCCGGTCAGCCCAACCAGACCACGCACGACCGGACCGCCGCGTAAgcggcaccatacc > 2:1110932/1‑280 (MQ=255) aCGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGGTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGACGGTCGAGATCATACAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCG‑AACATCGATGTAAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAACCCACCGACGACCGGACCGCCGGGTACGCCGCCCAtcaacaccccc > 2:493113/1‑279 (MQ=255) 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tCATGCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagca < 1:794047/288‑1 (MQ=255) gCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcagcagc < 1:1446465/289‑1 (MQ=255) gCCCCCCATCG‑AATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAagcagcagc < 2:935815/289‑1 (MQ=255) |||| ATAAACAGCGCCGCGCCGACGGTATTGGTGACCATCATTGGCGCAGCAATATTACTCACCAGACGCACCGCATCTTCATAAGGTCGGGCGATCGCAAGGATGATCAGCATTTGCACCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTGCTGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATGC‑TATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCG‑CACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAGATGGAAAAGACGATGTAGCAGAGAAATTTATGCGGCAGACGAACCGTGACCTGCATTAACGGTATGA‑ATAATGGCGTTTTACTCATTAACCATGCAATGACTAAAAAAACGCACATCTGCTGAAGCAGCAGCAA > CP042583/1788984‑1789534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |