| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,800,733 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,800,733 | 0 | A | T | 99.4% | 372.8 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (91/65); minor base C (1/0); total (92/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,734 | 0 | G | C | 98.7% | 366.5 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/64); minor base A (1/1); total (92/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,735 | 0 | T | A | 100.0% | 373.2 / NA | 157 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (92/65); total (92/65) | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTT > CP042583/1800460‑1801014 ||| atgggggaaagtgtttcggtttcgCCGTTAATCCCCTTAATTGCCCGATTGGGTTGGGAAAACAGTCCCCAGGAATTGCTCATACCCTCCCCTTTTTTTGAGGTCATGGACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATTTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTGTTCGGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATg < 2:865198/277‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |