Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,800,934 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,800,934 | 0 | A | T | 98.4% | 572.0 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/107); minor base C (3/1); total (139/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,935 | 0 | G | C | 99.6% | 574.7 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/109); minor base T (1/0); total (139/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,936 | 0 | C | G | 99.6% | 579.1 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/108); minor base T (0/1); total (139/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGATT > CP042583/1800655‑1801212 ||| gTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACAt < 1:915941/287‑1 (MQ=255) gTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTAGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACAt < 2:198097/287‑1 (MQ=255) tgtATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCgg < 1:1241759/288‑1 (MQ=255) tATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGgc > 1:301463/1‑288 (MQ=255) 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aGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTg > 1:196213/1‑289 (MQ=255) tGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGt < 1:403130/288‑1 (MQ=255) aCGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGAtt < 1:633807/289‑1 (MQ=255) ||| CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGATT > CP042583/1800655‑1801212 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |