Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 521,689 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 521,689 | 0 | G | C | 99.6% | 580.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 521,690 | 0 | C | G | 99.6% | 582.3 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/136); minor base T (0/1); total (111/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 521,691 | 0 | T | A | 98.4% | 569.9 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (111/131); minor base G (0/4); total (111/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGA > CP042583/521411‑521970 ||| cTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCgg < 1:1052756/289‑1 (MQ=255) gCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGcac > 1:1283424/1‑289 (MQ=255) cAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAAGTCGGCGTGTGACCTCGTTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGcaca < 1:135848/288‑1 (MQ=255) ttttGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATcg > 1:1377722/1‑268 (MQ=255) ttttGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAacg > 1:117907/1‑289 (MQ=255) cGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGAcgcg > 1:1468277/1‑289 (MQ=255) ggCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGAcgcg < 1:765266/288‑1 (MQ=255) 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caTCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCCGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATCCGACCGCGTACCAGCGGCGCGCCgatgat > 1:989429/1‑289 (MQ=255) tCGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATgg > 2:256382/1‑289 (MQ=255) cGATCACCGAGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGa > 1:1390759/1‑289 (MQ=255) ||| TCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGA > CP042583/521411‑521970 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |