Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,808,128 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,808,128 | 0 | A | T | 100.0% | 545.2 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,808,129 | 0 | G | C | 99.6% | 540.4 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/105); minor base A (0/1); total (121/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,808,130 | 0 | T | A | 99.1% | 531.1 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (120/104); total (121/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCAAGTGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATGGGGATTCAGGCTCAGTGTTATGCCGTACCGAGTCCGAAAGATATGCTGAGTGTACGTATTCGTGAATTTGCCGCCCGTTTCGGTGCGCTGGCTGACCTTTATATTTTTAAACGTGAACCGCGTTTTTTAGGGCCGCTGGTC > CP042583/1807850‑1808409 ||| tCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTg < 1:511448/288‑1 (MQ=255) cGGCCTCGATGACTGGAAGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGtt < 2:1752827/289‑1 (MQ=255) ggCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTCTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGCAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGCTGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGt > 1:1215897/1‑287 (MQ=255) tGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAg > 1:1890574/1‑289 (MQ=255) 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attATATCTAGTACGATGTGAAGGGTCGTCCCTGCCGCCAGGTGGGTTGGGTGGTCGTAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGATAACGCATTCAAGGAGCGAATGGTGCCTCTAAGAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACGGAGCGGCGATTACGCATTGGAAAGTTATAGTGAGCCGATGACCATGCGAAAAGATTTAATCGCTGCTAGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCa < 2:1692169/287‑1 (MQ=255) cgacgaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAACGATTTAATCGCTGCTGGTGTCCACCCATCAGATATTGTTCTCGATTAAGCTGGCTTTCGTACGCTGTATTCCATCGTGct > 2:812299/1‑284 (MQ=255) cgacgaATTGCAGGATCCCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGCTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGTTGTCGACCCATCAGCTATTGTTCGCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGACTTCCTCGTGccaac > 2:1175608/1‑284 (MQ=255) cgaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCATAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGc > 2:224192/1‑289 (MQ=255) gaATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTGTAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTAGTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCa < 1:985970/289‑1 (MQ=255) aTTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCaaa > 1:1721937/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |