| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,809,091 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,809,091 | 0 | A | T | 100.0% | 533.9 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,809,092 | 0 | G | C | 99.6% | 526.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/94); minor base T (0/1); total (128/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,809,093 | 0 | T | A | 100.0% | 531.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (128/96); total (128/96) | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808828‑1809372 ||| aGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAg > 2:1564369/1‑288 (MQ=255) 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tCCGGGGAAATTTATTCGCTCAAGCTACTTTCGTAATTTTAAACGCGCTGCCGAGAAAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGc < 2:751137/288‑1 (MQ=255) ctcGGGGGAATTTATTCGCTAAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGc < 2:858402/286‑1 (MQ=255) ggAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAACGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCAATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGACATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAACGTCGCGATTATTGGCGCAGTTCCTGCCGGATTGCAGGCCAgtgt > 2:1008300/1‑289 (MQ=255) ||| AGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808828‑1809372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |