Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,824,942 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,824,942 | 0 | A | T | 99.6% | 527.9 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/92); minor base C (1/0); total (132/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,943 | 0 | G | C | 99.6% | 517.4 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (132/91); total (132/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,944 | 0 | C | G | 100.0% | 520.3 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (132/92); total (132/92) |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CGAATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCAGCCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTACTGGCGACTGAGCCGGTAGTGAAAGCGGAAGCCAGTAAAGTAACCGTGGCTGTTGCAACCGTTGTTATCTTCGGGACCGTCGCGATTTTCCTCTACCCGGCGATATATCCGCTGAT > CP042583/1824664‑1825222 ||| atatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGa > 1:42885/1‑289 (MQ=255) tatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGAt > 1:1124956/1‑289 (MQ=255) aacaacATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGt < 1:555748/287‑1 (MQ=255) caTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGCCGTTCTCGCAAATTGCCGATGTAGGTATCATTGGGatca > 2:1544906/1‑289 (MQ=255) aTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGGTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGatca > 1:1736837/1‑288 (MQ=255) tgtgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgt > 2:1295471/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCGAAGCAATATTTATTACGTCGGGGTATCATTCTTTATGTCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGAGGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 1:355875/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTTTGACGTTCTCGCTAATTGCCGGTGTCGGTATCTGTGGGATCATCATTGACgtgt > 2:97044/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGt > 2:1056042/1‑270 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGt < 1:1056042/270‑1 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGCCgtgt > 2:879055/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 1:288636/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 2:689110/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 1:206040/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 2:1348885/1‑289 (MQ=255) ggCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt < 2:109966/288‑1 (MQ=255) cATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTg > 1:1622481/1‑288 (MQ=255) cATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTg > 2:1682727/1‑288 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGAc > 1:876564/1‑288 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 2:934242/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:625575/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:1245110/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:64126/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:1551964/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:1197536/289‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGt > 1:324585/1‑288 (MQ=255) gggTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCCCGCAAATTCCCTATGGCGGTCTCAGTGGGTTCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGtc > 2:954868/1‑288 (MQ=255) aGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg > 1:1762975/1‑274 (MQ=255) 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tggaGTTATCGCCGGGTTGGCCGTGTGGGGTGGTTCCATTCACGCTGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTTTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGTGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgct < 2:1661235/286‑1 (MQ=255) gCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgc < 1:1309713/287‑1 (MQ=255) aGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgctt > 1:1672166/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |