| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,830,472 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,830,472 | 0 | A | T | 99.6% | 540.9 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,830,473 | 0 | G | C | 100.0% | 545.4 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (97/133); total (97/133) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,830,474 | 0 | C | G | 100.0% | 540.3 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (97/133); total (97/133) | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGA > CP042583/1830200‑1830749 ||| gAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGGCGCTGACCGGTTTCtt > 2:1419221/1‑289 (MQ=255) tCTTACCAACAGCGTACGTTAGCTAAATATAGGAAATCTCAAACGGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAGTATTGTTCTTAAGCAGCAATTGATGAGTTAAGCCGCGTTTAAGGATTGCGTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCTTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTgc < 2:345322/289‑1 (MQ=255) cTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTgcc < 2:1676195/289‑1 (MQ=255) aacaacAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTgccgcc < 2:1561374/289‑1 (MQ=255) 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GAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGA > CP042583/1830200‑1830749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |