Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,834,150 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,834,150 | 0 | A | T | 100.0% | 719.9 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,834,151 | 0 | C | G | 100.0% | 712.3 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (140/158); total (140/158) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,834,152 | 0 | T | A | 99.7% | 713.2 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (139/157); total (140/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGC > CP042583/1833870‑1834427 ||| atTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGc < 2:1704805/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |