Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,834,177 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,834,177 | 0 | A | T | 100.0% | 625.9 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,834,178 | 0 | C | G | 99.2% | 609.5 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (112/144); minor base T (1/1); total (113/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,834,179 | 0 | T | A | 100.0% | 627.0 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/147); total (113/147) |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGCCTGAATTACAAAAGCGAGGA > CP042583/1833899‑1834447 ||| tGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGc > 1:1087283/1‑289 (MQ=255) 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tattatCGAATAATTATAAATAACTCCTCGTTTTTTCTACCGGCACAATCAGGAATTTATCGACATAAACTCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTa < 2:123491/288‑1 (MQ=255) attatCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCCCAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTTGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACg < 1:1008418/289‑1 (MQ=255) ttatCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACGa < 2:344943/289‑1 (MQ=255) taatgatAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACGACATAAt > 1:21563/7‑287 (MQ=255) taatgatAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACAAAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTCAGCAGCGATTGACCATAAAAATCCCTGCCTACGGCGCTCAGAAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACTCCAGGTTTTTTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGAGTAAATTTTATTTTACATGGATTTGTATCCGCATAATTTAACGTTTCATTTTAATATCAGACGTCATCAATATTCGCAAACCCTTCAATTACGACATAAt > 2:191951/7‑287 (MQ=255) atgatAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTcgccgaacct < 1:1872797/265‑8 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |