Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,839,163 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,839,163 | 0 | A | T | 99.6% | 613.5 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/139); minor base C (0/1); total (122/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,839,164 | 0 | G | C | 99.6% | 611.0 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (121/139); total (122/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,839,165 | 0 | C | G | 100.0% | 612.4 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (122/140); total (122/140) |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ACCGGTATTGCGGGCGCTCTGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAAAGCCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCAGCACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCG > CP042583/1838884‑1839438 ||| cGGGCGCTCTGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAAt > 1:1016322/1‑289 (MQ=255) gcTCTGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCCGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTTGCAGCTTTGGCTCGATCGCTAACCCGCCAATGttt > 2:646435/1‑288 (MQ=255) tctGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgc > 2:1050924/1‑288 (MQ=255) tGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGCTTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccct < 2:804816/289‑1 (MQ=255) tGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccct < 1:691505/289‑1 (MQ=255) ggCAAACCCCGACACTCAGGATGTTTCTTAACGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCTATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGTTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgccct < 2:152089/288‑1 (MQ=255) ccGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTg > 1:805473/1‑289 (MQ=255) 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aGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCCCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGcc > 2:1624442/1‑288 (MQ=255) cTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg < 1:1191222/289‑1 (MQ=255) ttACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTTGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTTAACCTGCCGACAAACCCgt > 2:255757/1‑288 (MQ=255) 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aCCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTGTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGAc > 1:224074/1‑289 (MQ=255) ccGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACg < 2:173681/289‑1 (MQ=255) aGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCg < 1:291034/289‑1 (MQ=255) 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tACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGtttca < 1:1036563/289‑4 (MQ=255) aCCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGtttcac < 1:1182395/289‑5 (MQ=255) gCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAATCGCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGtttcactgg > 1:392129/1‑281 (MQ=255) 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tGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCACTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAgcg < 2:203975/213‑1 (MQ=255) tggTTGGCGTCTTTCTTAGCTGCTTTCGCTCGACTGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCTTGAACAAGCCGGCAGAACCGGCCGTGCGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTGTGGGGTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTAGCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTGCCGCTGGCGACCgg < 2:962260/287‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTAc < 1:1805278/189‑1 (MQ=255) 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ACCGGTATTGCGGGCGCTCTGCAAACCCCGACACTCAGTATTTTTCTTACCGATGAAGTACATGCCCGTCCGGCGATGGTGGGATTCTTCTTTACCGGCAGCGCTGTCATTGGGATTCTGGTAAGTCAGTTTCTCGCCGGGCGCTCTGATAAGCGCGGCGATCGCAAAAGCCTGATTGTCTTTTGCTGCCTGTTAGGCGTGCTGGCCTGCACCCTTTTTGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCT‑ATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCAGCACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCG > CP042583/1838884‑1839438 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |