Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,842,823 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,842,823 | 0 | A | T | 99.2% | 577.9 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (116/128); total (117/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,842,824 | 0 | G | C | 99.2% | 574.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (117/127); total (117/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,842,825 | 0 | C | G | 98.8% | 569.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (115/129); total (117/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TGATGATCTGCCAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGAGCATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTGCATGTGCTGCGTTAATGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTGTTGATAGAGCCGACCGGGCTGGGCCATCCGAAACAGATCCTCGATCTGTTAACCGCACCAGTCTATGAA > CP042583/1842546‑1843104 ||| tCTGCCAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGCTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGtt < 1:22478/288‑1 (MQ=255) ccAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAGCACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGccc > 2:729924/1‑289 (MQ=255) gttgccggCAATTTGTGAAGGGCAAAGAACAAGACTGGCAACAAGTCGTCCAATGCGGCGGACATCAGGCTCTATTAATCGCCCTCAAACGTTAGCGGTTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTGCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTCACTTACCAGAGTTTTGCGGAGACGTTGTGACCAGGACCAATCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACTACGTCGATTCTTCAGCTGTTAGCCCATa < 2:1348059/281‑1 (MQ=255) cccGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCCCGTCCATTCTTCATCTGTTAGCCCATaaaaa > 2:1633655/1‑286 (MQ=255) 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aTTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGcc > 2:153530/1‑289 (MQ=255) acacCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATa > 1:1880622/1‑288 (MQ=255) ccTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGccc > 1:364000/1‑203 (MQ=255) 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acgggggAAAGCCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGCGCATAAGGGTCCCAACGAAGAATGGGCGGTACTGGTTAATGATTTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCGGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTGCATGTGCTGCGTTAATGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTGTTGATAGGGCCGACCGGGCTGGGCCATCCGAAACAGATCCTCGATCTGTTAACCGCAcc < 2:1048460/284‑1 (MQ=255) cGGGAAAACCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTTCATGTGCTGCGTTACTGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTGCGTGCTAGAACCGACCGGCCGTGGCCATCCGATACCGAGCCTTCATACGGTACCCGCACCAGt > 2:578854/1‑288 (MQ=255) aaCCACGTCGATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTGCATGTGCTGCGTTAATGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTGTTGATAGAGCCGACCGGGCTGGGCCATCCGAAACAGATCCTCGATCTGTTAACCGCACCAGTCTATGaa < 1:753759/289‑1 (MQ=255) ||| TGATGATCTGCCAGATAACCCGCATTTTGTGCAGGCCATCGAACAAGCCTGGCAACAAATCGTACAATTCGGCGCACATCAGGCGCTATTAAACACCCTCAAAATTTAACGATTTCTGCGGTTAAAGCGGATGAAGCTCACCTTCGTCCGCTCTCCCCTTCTCTTTTCTGCCTTTTTTAGCCAGGATTAACGCTCAGTTAACTTACCAGAGTATTGCGGAGCCGTTGTGACCAGGACCAACCTCATCACCGGTTTTCTCGGCAGCGGGAAAACCACGAGCATTCTTCATCTGTTAGCCCATAAAGATCCCAACGAAAAATGGGCGGTACTGGTTAATGAATTTGGGGAAGTCGGAATTGATGGTGCTTTGCTCGCCGATAGCGGCGCATTGCTGAAAGAGATCCCCGGCGGCTGCATGTGCTGCGTTAATGGTTTACCCATGCAGGTAGGGTTGAATACCTTACTGCGTCAGGGAAAACCAGACCGCTTGTTGATAGAGCCGACCGGGCTGGGCCATCCGAAACAGATCCTCGATCTGTTAACCGCACCAGTCTATGAA > CP042583/1842546‑1843104 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |