Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,843,998 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,843,998 | 0 | A | T | 100.0% | 516.9 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (105/110); total (105/110) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,843,999 | 0 | G | C | 99.5% | 498.7 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/109); minor base T (1/0); total (105/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,000 | 0 | T | A | 99.5% | 508.6 / NA | 215 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/109); minor base G (0/1); total (105/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
GCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTAGTCTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTATTAAACCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATG > CP042583/1843721‑1844279 ||| gcgcgcTGTGGAAGCGTCGTTTAGCGACGACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGc < 2:1708975/288‑1 (MQ=255) gcgcTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATGTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGAt < 1:1302864/289‑1 (MQ=255) cgcTGTTGAAGCTTCGGTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGGTGTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGAt < 1:342326/288‑1 (MQ=255) gcTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATgg < 1:1782690/289‑1 (MQ=255) 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aaaTATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATtggt < 2:743256/289‑1 (MQ=255) aaaTATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATtggt < 2:913782/289‑1 (MQ=255) aaTATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATtggtc < 1:739112/289‑1 (MQ=255) aaTATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATtggtc < 2:1063394/289‑1 (MQ=255) atatGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATtgg > 1:1524696/1‑286 (MQ=255) tatGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTCCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCCGACGACGTATCGTGATTATtggtctg > 1:1031708/1‑289 (MQ=255) 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aaaaTTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAg > 2:1468937/1‑256 (MQ=255) tGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTa > 1:1182366/1‑287 (MQ=255) aaaTAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAg < 1:206508/288‑1 (MQ=255) aaTAGTGTTGTTGAATATTGTCGGGCTCGGCGTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGGCTTTTTGTGGGTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAgacgac < 1:1340645/248‑1 (MQ=255) tgttgtTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAAAGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTATGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTAtt > 1:1257279/1‑289 (MQ=255) ttgttgAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTATTaa < 1:639674/289‑1 (MQ=255) ttgAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTCTGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCCGGTAATGCGATTACCTGCAGTGGCATTAAAcc > 2:626384/1‑289 (MQ=255) gAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAATGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACTTTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTTGTATTAAACCAg < 1:951218/289‑1 (MQ=255) tGTCGGCCTCGCGCTTTTTCTTTCCTTGTATATCCCCGTTATTCATGGTTTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTATTAAACCAGCTGGGt < 2:1184614/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |