Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,844,472 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,844,472 | 0 | A | T | 99.5% | 513.3 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,844,473 | 0 | G | C | 99.5% | 507.5 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (102/113); minor base A (1/0); total (103/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,474 | 0 | T | A | 100.0% | 513.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (103/113); total (103/113) |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGA‑TCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTAGCATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAAAGTCTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGA > CP042583/1844195‑1844749 ||| ccACGAAAGATGCCTCACGAGATAGCTTTCCCGGCGA‑TCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTTCGATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAaaacaaaaa > 2:622811/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |