Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 527,451 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 527,451 | 0 | A | T | 99.6% | 564.6 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 527,452 | 0 | G | C | 99.2% | 553.5 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/109); minor base T (2/0); total (125/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 527,453 | 0 | T | A | 100.0% | 558.9 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (125/110); total (125/110) |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ACTTGATAACGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTAGTATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGATGCATGCGGAATATATTCGTCACATTCCCGGATTCAGTCAGATATTACTGGCGGGAAATCTGGCGCAGGCCCGAATGATGATCGAGCGTTTTAAGCCGGGGCTAATCTTGCTCGATAACTATCTTCCTGACGGTAGAGGGATTAATTTACTGCATGAACTGGTGCAGGCGCATTATCCCGGCGACGTGGTGTTTACC > CP042583/527171‑527730 ||| cGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTTCAATCTATATTCCGaaa > 1:597587/1‑289 (MQ=255) 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atgatgTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGa < 1:861283/232‑1 (MQ=255) tgatgTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGatgcatgc < 1:1110002/289‑1 (MQ=255) tgatgTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTATTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGatgcatgc < 1:1165824/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |