Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,851,083 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,851,083 | 0 | A | T | 99.5% | 519.1 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (109/109); minor base C (1/0); total (110/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,084 | 0 | G | C | 99.6% | 518.8 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (111/109); minor base A (0/1); total (111/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,085 | 0 | T | A | 99.1% | 517.4 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/110); minor base C (2/0); total (111/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTAGCATAACCACCCTGACCAGCCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTAGTCCGAGTCTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGAGCGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAACATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGAGCGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGC > CP042583/1850812‑1851360 ||| cTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAAct < 1:1191368/286‑1 (MQ=255) tAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAAct > 1:1300462/1‑285 (MQ=255) cTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCCCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTTTACCGCTCGGTTCACCTCCACTCGGTTAACTGCTGtt > 2:1265408/1‑288 (MQ=255) cTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGGCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTGCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCtttt > 1:350648/1‑288 (MQ=255) tttgtggggCTGCTGGCAATGATTGGCTTGTTGGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGTCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTAc < 2:93523/282‑1 (MQ=255) ggtggCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAgg > 1:1164713/1‑289 (MQ=255) ggtggCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAgg > 1:303434/1‑289 (MQ=255) 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tCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGcccc < 1:81614/289‑1 (MQ=255) ttGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGt < 1:393968/289‑1 (MQ=255) ttGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCt < 2:303434/289‑1 (MQ=255) 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ACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTAGCATAACCACCCTGACCAGCCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTAGTCCGAGTCTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGAGCGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAACATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGAGCGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGC > CP042583/1850812‑1851360 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |