Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,851,600 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,851,600 | 0 | A | T | 99.0% | 485.2 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,601 | 0 | G | C | 99.0% | 480.5 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (124/81); total (126/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,602 | 0 | T | A | 98.6% | 488.8 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/79); minor base C (0/3); total (126/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGAGCTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTAGTCTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGTATCCGCCAGGCGGCAAAACGGCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTAT > CP042583/1851321‑1851880 ||| gatgtttcacTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCAcc < 1:670474/280‑1 (MQ=255) 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acTACAGGTTGAGTGTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGGGAGTCAGGTTCAGGCAAACGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGGGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAGCAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATg < 2:1326439/288‑1 (MQ=255) cTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATGc > 1:1607997/1‑289 (MQ=255) gATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGGGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATGCGTCgg > 1:506073/1‑289 (MQ=255) 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GATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGAGCTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTAGTCTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGTATCCGCCAGGCGGCAAAACGGCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTAT > CP042583/1851321‑1851880 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |