Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,851,981 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,851,981 | 0 | A | T | 99.5% | 505.5 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,982 | 0 | G | C | 99.5% | 499.2 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/107); minor base A (0/1); total (104/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,983 | 0 | T | A | 99.5% | 505.3 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (103/108); minor base C (1/0); total (104/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGC > CP042583/1851701‑1852262 ||| cccATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTCCAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCa < 1:878660/287‑1 (MQ=255) tCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCt > 1:152644/1‑289 (MQ=255) tctcCGGCGGCGAACGGCAGCGGTTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTaca < 1:973453/288‑1 (MQ=255) tctcCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTaca < 1:469278/288‑1 (MQ=255) ggcggcGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACaaa < 1:1453366/289‑1 (MQ=255) ggcggcGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACaaa < 1:1369293/289‑1 (MQ=255) gAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTa < 2:839219/288‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACt < 1:1589841/288‑1 (MQ=255) ggTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGa > 1:1175920/1‑288 (MQ=255) tgatgaTTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAAc < 2:684586/288‑1 (MQ=255) cTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTg > 2:1589060/1‑288 (MQ=255) tGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGcc < 1:127375/289‑1 (MQ=255) gTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGAACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCg < 2:424072/289‑1 (MQ=255) aCCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTa < 1:684967/247‑1 (MQ=255) ccGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAAc < 2:1271293/289‑1 (MQ=255) cGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACt > 1:1295129/1‑247 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |