| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,859,943 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,859,943 | 0 | A | T | 99.2% | 593.6 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (132/118); minor base G (0/2); total (133/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,859,944 | 0 | G | C | 99.6% | 591.2 / ‑4.5 | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (132/119); minor base T (0/1); total (133/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,859,945 | 0 | C | G | 98.4% | 580.5 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (128/120); total (133/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCAGCCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTAGCTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACAGTCGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTAGCTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGCAACACTAC > CP042583/1859664‑1860223 ||| tCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATg > 1:540901/1‑289 (MQ=255) aTCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCGTTCGTACCCGATGTCg > 1:372369/1‑288 (MQ=255) tCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGgc > 1:1277794/1‑289 (MQ=255) tGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAGATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGAc > 1:1220564/1‑289 (MQ=255) tGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGAc > 1:1500037/1‑289 (MQ=255) tATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTgag < 1:1831979/289‑1 (MQ=255) cccAGAAGAAAATGAGTTGGCGCGCGACTGGCGGCTGTTGTTCATCTGCGTGCCGGTTATTTTGTTGCTTGACCTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCGGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTTTCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCAt < 2:112382/289‑1 (MQ=255) aGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCCTGTGGTGTCTATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCC‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCCTCCCCGATGCCGTCTCCACGGTTTCTTTAGAAGCACgg > 2:140408/1‑288 (MQ=255) aGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATTTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATgg > 1:186378/1‑288 (MQ=255) tgAACATGAGAGGCAGGGCGTCTGGCAGCGTATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGACCTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGGTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGt < 2:1705818/285‑1 (MQ=255) 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cgcgcgACTGGCAGCTGATGTTAATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGCCGAGGCACTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGACTCGCGCGCCCGCAGCCCCCATTCTTCTTTAGCGCCCTTATCGCCTCGCATGTGGTGTCTATTTGGTGCACTACCAACATCAATGACCCGAATC‑CCCTGCACCCCGCTATCCTCTCGATTTCGTACCCGGTCACCGCTCGTCGTGTTCTCGCGAAGCCTGCTCTTCGTGCTgcgtcggg > 2:1846219/1‑284 (MQ=255) gcgcgACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTAGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCTATCACCCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAgg < 1:1613631/288‑1 (MQ=255) ggCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACg < 1:1559861/289‑1 (MQ=255) 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cgcTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACTCACGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTTCGTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGc > 2:677640/1‑289 (MQ=255) gcTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACTCACGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTTCGTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGCa > 1:1016016/1‑289 (MQ=255) gcTAACCTGCCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACTCACGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTTCGTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGCa > 1:1592196/1‑289 (MQ=255) ||| AATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCAGCCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCA‑CCATGCAGCGCGCTAACCTGCCGCTTAGCTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACAGTCGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTAGCTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGCAACACTAC > CP042583/1859664‑1860223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |