Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 529,418 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 529,418 | 0 | A | T | 100.0% | 490.3 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 529,419 | 0 | C | G | 99.5% | 486.3 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (108/95); minor base A (1/0); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 529,420 | 0 | T | A | 99.5% | 484.8 / NA | 204 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/94); minor base G (0/1); total (109/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TAGGGTTGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTACTCGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTACTAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTAAATAATAAAAAATTCCTAAAGCTTAAGGAAAAAATATGCCCAATAAATTGGCGATGAATGCTGATTAAAATCAAGAAAAACT > CP042583/529142‑529696 ||| tAGGGTTGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCctggctg < 1:1355408/289‑1 (MQ=255) 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aaaCACCCAGACCGGTTGCTGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTtgtg < 1:1553500/289‑1 (MQ=255) cacCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGccc < 1:1841131/289‑1 (MQ=255) gTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAACAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCCATCTGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGTCGCCGCGGCTCATAAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGTCTGTTACAGCCTTGCTGGACGGTAACACTTTGTGACCCATAACGGc > 2:933122/1‑287 (MQ=255) 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aaGGGACGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATaa < 1:351476/288‑1 (MQ=255) aCGGCCAGAGACATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGCCGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCa > 1:76277/1‑289 (MQ=255) cATCAGACAGGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCa < 1:416931/289‑1 (MQ=255) 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aaGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATCATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAatgat > 2:1007410/1‑289 (MQ=255) aaGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCACATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAatgag > 2:1853399/1‑288 (MQ=255) gaaGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTa < 1:1001467/286‑1 (MQ=255) aGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCg > 1:1869889/1‑289 (MQ=255) ttAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAATGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAg > 1:161514/1‑289 (MQ=255) tAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGAC‑CACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCAGTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCCGAATACCCTTTAATGCTGTAGCGAGc > 2:1692246/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |