Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,885,176 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,885,176 | 0 | A | T | 99.6% | 556.6 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,177 | 0 | G | C | 99.6% | 546.7 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (111/121); total (113/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,178 | 0 | C | G | 99.6% | 553.3 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (112/121); total (113/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGAT > CP042583/1884898‑1885462 ||| tCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGACGGTGTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGCTGCCTACTATCTCGAGAAACCACGCCGCACAACGGAAGCGTTAATCTTTGGTTCTCACGACAACTCAACACTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACCTAGCTGGCTCCATTGACGGGTGCAGAACATGTACCTGTGTCG‑ATGTATTACCTGACTgg > 2:1633848/1‑289 (MQ=255) cgcacttACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTAGCGTTACGTGACCTGGCAGCTCTACGACAACCTTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGt < 2:1221194/284‑1 (MQ=255) taCATTACCCCTGCGATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACAGTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGt < 2:1458969/287‑1 (MQ=255) cATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACa < 2:223360/289‑1 (MQ=255) gCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACCCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAACTGTACC‑GTGGTCGATGCATTACCTGAATGGTCAGGATAACAgcg > 2:1431449/1‑287 (MQ=255) gCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCGCTCACGACAACCCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACGTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATTTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAgca > 2:1698097/1‑287 (MQ=255) tATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTg < 1:1431449/289‑1 (MQ=255) tCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGt > 2:1835273/1‑289 (MQ=255) tCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAAATCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GGGGTCGATTTATTACCTGAATGGTCAGGCTAACAGTCTGGt > 2:1156436/1‑289 (MQ=255) ccAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGt < 1:1682725/271‑1 (MQ=255) ccAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGt > 2:1682725/1‑271 (MQ=255) ccAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTg < 1:1798590/289‑1 (MQ=255) aaaaGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCt < 1:1052596/289‑1 (MQ=255) aaGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTTCTGa > 1:1692596/1‑289 (MQ=255) aaGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGa > 1:116069/1‑289 (MQ=255) gcgTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATct < 1:51260/288‑2 (MQ=255) gcgTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATct < 2:1044048/288‑2 (MQ=255) cgTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATctca > 1:857886/1‑286 (MQ=255) tAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACAACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCaacccta < 1:229587/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |