| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,896,330 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,896,330 | 0 | A | T | 99.7% | 725.0 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (154/152); minor base G (0/1); total (154/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,331 | 0 | G | C | 99.7% | 716.7 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (153/153); minor base T (1/0); total (154/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,332 | 0 | T | A | 99.4% | 724.5 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/151); minor base C (1/1); total (154/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
GTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTAGTGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGAAGTATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCA > CP042583/1896051‑1896611 ||| ccGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtc > 1:584550/1‑289 (MQ=255) cGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtc < 1:1871267/288‑1 (MQ=255) ttCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACt < 1:700873/288‑1 (MQ=255) ttCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACt < 1:396290/288‑1 (MQ=255) cGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGa < 1:1434385/289‑1 (MQ=255) aTCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGCGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTggg > 2:1385632/1‑285 (MQ=255) tGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGgcgc > 1:1031331/1‑289 (MQ=255) 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tCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGc < 2:946658/288‑1 (MQ=255) cgcgCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGa < 2:415918/289‑1 (MQ=255) tttGTTTAAAACCAGATACGCCCATTGGCAGGGTGAATATGGTGGGGAG‑CGGTTTGGGGAATTGGCTGGCGTTTGGTATGCAGATTGCGGTTATCTTCCTTACCGGTCAGGCCCTTCCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTccc < 2:1329627/289‑1 (MQ=255) 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GTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAAT‑GTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTAGTGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGAAGTATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCA > CP042583/1896051‑1896611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |