| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,897,425 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,897,425 | 0 | A | T | 99.5% | 483.8 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (92/113); minor base C (1/0); total (94/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,897,426 | 0 | G | C | 99.0% | 479.4 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (92/112); total (94/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,897,427 | 0 | T | A | 99.5% | 484.2 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (92/113); minor base C (1/0); total (93/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAAAGCGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGG > CP042583/1897143‑1897705 ||| gcgctgggcgctgATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTTTCCGCGACATCATGGGCTACTGCAACACTGCCCTTGTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATAAAAAATGAAACATTGTGCTATCGTCCATGCGGGACGTTCGGCTATCGGTTGGTTTAAGGGTTGactc > 2:880128/1‑288 (MQ=255) ctgggcgctgATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCt < 2:1171188/288‑1 (MQ=255) tcggtaactcgggaaTGGCGATCGCCTACGGCGAGAAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCAt < 2:1543543/276‑1 (MQ=255) tcGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCGTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCAt < 2:609961/289‑1 (MQ=255) tcGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCAt < 1:895177/289‑1 (MQ=255) aaatcggTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGAc < 2:1384639/282‑1 (MQ=255) aaatcggTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGAc < 1:1680165/282‑1 (MQ=255) ggCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACa < 1:585803/289‑1 (MQ=255) gCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACa < 1:563469/288‑1 (MQ=255) cGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAg < 2:314907/288‑1 (MQ=255) cGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTTTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATAGAAAATGAAAAATTGTGTCATCGGCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTTGGGGCGACCGGAAtt > 2:360544/1‑289 (MQ=255) aCGGCGAGCAATGGATGAACATGGAACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgc < 1:840660/289‑1 (MQ=255) cAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCCCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGCCGACAGTAATTAAACCCGCCCTTg > 2:13118/1‑289 (MQ=255) aaCATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCaa > 1:1653983/1‑289 (MQ=255) cacaACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCg < 1:308068/288‑1 (MQ=255) cacaACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGa > 1:724453/1‑289 (MQ=255) caACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAtt < 1:702934/289‑2 (MQ=255) aaCCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttc < 1:909367/289‑3 (MQ=255) ttCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttcacaac > 1:1516257/1‑282 (MQ=255) ttCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTATGCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGGTTAACGCTGTTCTGCCGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATCTAAAATGAAACATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCTCTCTACCTGGGTGTGACGGTCATTAAATCCGACATTGACAGTGTAAAATTCGAttcacacc > 2:1804836/1‑282 (MQ=255) ttggggCGCGGCCAGCCTTGGAAATGGCCCGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttcacaaca < 2:1849866/286‑9 (MQ=255) tCTGGGCGCTGCCATGACTGGCAAGCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCGTCTCCGGTGTAATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttcacaaca < 2:1071739/289‑9 (MQ=255) tCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCAGGTGTCATTTTCGTCATCGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTAATGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGGAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGAAAAAATCgcttcacaac > 2:1560663/1‑279 (MQ=255) gcTGGGCGCTGCCAGAACTGGCAACCGCCTGACGCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttcacaaca < 2:508425/288‑9 (MQ=255) acTGGGCGCTGCAATCACTGGCAATCGCCGAACTCTGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCCCTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGAttcacaaca < 2:603541/288‑9 (MQ=255) gcTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTtga < 1:270347/288‑1 (MQ=255) tGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCa < 2:464022/263‑1 (MQ=255) tGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTtgatg < 1:1337668/288‑1 (MQ=255) tGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCCGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTtgatga > 2:301318/1‑289 (MQ=255) gCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGaa > 1:1231569/1‑289 (MQ=255) gctgccgtGGCACTCGCCGGCGTCCGTGTCCACGCCTACATTGGCTCCTTCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTGCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAg < 2:1453023/282‑1 (MQ=255) ccAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAg < 2:526419/289‑1 (MQ=255) cAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAg < 2:691190/288‑1 (MQ=255) aCTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCCCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGAtt > 1:693379/1‑289 (MQ=255) 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ggTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAAtt < 1:201644/216‑1 (MQ=255) ggTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACaa > 1:497723/1‑288 (MQ=255) cgcgACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGACGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCTCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCAATTGAACGTGCAAAAATCGCTTCACACCCCGTTGAGTAAGTGTTTATGGGTAACGTGTTACAAGCCgg > 1:1549209/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |